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動植物基因組de novo測序上海迪奧生物科技有限公司

技術服務信息

服務名稱:動植物基因組de novo測序
服務類別:微生物學服務 - 其它
價格:詢價
允許參觀:不允許參與實驗
所在區域:上海.上海
更新時間:2018/3/21 9:09:00
瀏覽人數:3327
誠信指數:534點
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使用范圍:僅限科研使用,不能應用于臨床
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上海迪奧生物科技有限公司
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200032
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技術服務詳細描述

動植物基因組de novo測序

 

基因組de novo測序衣叫做基因組從頭測序,是指不依賴于任何已知基因組序列信息對某個物種的基因組進行測序,然后應用生物信息學手段對測序序列進行拼接和組裝,最終獲得該物種基因序列圖譜。從基因組水平上對物種的生長,發育,進化,起源等重大問題進行研究,將加深我們對物種的認識,在新基因的發現,物種改良等方面發揮巨大作用。

 

采用傳統的Sanger法測定高等動植物的全基因需要花費大量的人力和物力資源,這極大限制了全基因組測序的發展。第二代高通量測序技術的成熟和廣泛應用。大大降低了基因組測序的成本,縮短了測序的時間,讓更多實驗室可以獨立開展動植物基因組測序項目。

 

 迪奧優勢

 

擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。

 

擁有Roche454IIIumina Solexa兩種高通量測序平臺,合作伙伴可根據具體需求進行選擇,以獲得最佳的實驗結果。

 

技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案,解決實驗問題,分析實驗結果。

 

擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

 

生物信息分析

 

1. 基因組拼裝統計

 

提供基因組拼裝的基本信息,包括原始數據統計,測序覆蓋率統計,Contig N50大小,Scaffold N50大小,基因組GC含量等信息。

 

2.基因組注釋

 

包括基因預測,基因功能注釋(同NR,Swiss-Prot,interpro等數據進行同源比對),重復序列分析及Noncoding RNA注釋等。

 

3.基因功能分類

 

GO分類,KEGG通路分析等。

 

4.比較基因給學及進化分析

通過比較相近物種的基因組數據,從基因功能,基因組骨架結構,分子進化等方面對目標基因組進行分析。

 

5.建立數據庫

 

建立符合國際標準且具有良好兼容性的基因組數據庫,實現基因數據的查詢與共享。

 

 

實驗周期

 

 

 

迪奧生物從獲得合用伙伴樣品到高通量測序,一般控制在4-6個月內完成。具體完成時間視基因組大小和復雜程度而定。

 

送樣要求

 

1. DNA樣品:濃度≥200ng/ul,總量≥500ug.OD值在1.8-2.0之間,樣品濃度越高越好。

 

2. 植物樣品:需為黑暗無菌條件下培養的黃化苗或組培樣品,最好為純合或單倍體。

 

3. 動物樣品:應挑選肌肉,血等脂肪含量較少的組織進行取樣。為了減少個體差異對后續拼接產生的影響,應盡量從同一個體中取樣,若物種體積較小,從一個個體提取的DNA量不夠進行一次測序反應,在保證量的情況下,應盡量減少個體的個數。測序樣品最好為純合體。

 

4. 請填寫完整的送樣訂單,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

 

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