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環境微生物群落多樣性分析上海迪奧生物科技有限公司

技術服務信息

服務名稱:環境微生物群落多樣性分析
服務類別:微生物學服務 - 其它
價格:詢價
允許參觀:不允許參與實驗
所在區域:上海.上海
更新時間:2018/3/21 9:09:00
瀏覽人數:5164
誠信指數:534點
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使用范圍:僅限科研使用,不能應用于臨床
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上海迪奧生物科技有限公司
地址:
上海市斜土路1175號景泰大廈1508
郵編:
200032
電話:
021-54960912
傳真:
021-54035803
聯系人:
胡小姐
所在區域:
上海·上海
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技術服務詳細描述

環境微生物群落多樣性分析

 

在環境微生物生態學的發展過程中,有三個進展是至關重要的:一,分子技術在該領域的應用,克服了自然界微生物純培養的局限,大大擴展了我們在整體上對自然環境微生物的認知范圍;二,將宏觀生態的思想和方法引入微生物生態研究,極大地提高了我們對微生物多樣性的認知水平;三,第二代高通量測序技術(尤其是Roche 454高通量測序技術)的成熟和普及,使我們能夠對環境微生物進行深度測序,靈敏地探測出環境微生物群落結構隨外界環境的改變而發生的極其微弱的變化,對于我們研究微生物與環境的關系,環境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現實意義。

 

 

 

迪奧優勢

 

 

1. 采用定向測序技術,避免了非定向 測序造成的數據冗余,能充分利用每條有效序列,且便于后期的菌群分類處理。

 

2. 開發了一套穩定的多樣本平行測序實驗方案,并解決了樣本間數據不平衡的技術難題,一次可實現200個樣品的平行測序。

 

3. 眾多的成功案例,使迪奧生物在環境微生物群落多樣性測序及分析方面處于國內領先地位。

 

 

 

擴增區域選擇

 

 

1. 細菌擴增區域(16SrDNA

 

1) 一般選擇V3區和V6區。

2) 其它備選區域:V1+V2,V2,V4,V5+V6,V6+V7

3) 引物設計參考:

   區域        通用引物

  V1+V2       8F-338R

  V2           27F-338R

  V3           341F-534R

  V4           530F-805R

  V5+V6        805F-1046R

  V6            967F-1046R

  V6+V7        967F-1220R

 

2.真菌擴增區域

1)一般選擇:V4,V9,ITS

2)引物設計參考:

   區域          通用引物

   V4           528F-706R

   V9           1380F-1510R

   ITS           ITSIF-ITS2

   SSU           NF1-18Sr2b

   LSU           D3A-D3B

 

 

 

多樣本平行測序

 

 

1. 多個環境樣品可以同時進行高通量深度測序。

2. 樣品之間的測序數據通過擴增時引入的標簽(tag)進行區分。

3. 迪奧生物開發出了一套穩定的多樣本平行測序實驗方案。

4. 迪奧生物提供的tag序列均經過Roche和迪奧生物的實驗檢驗。

5. 多樣本平行測序成功的關鍵是樣品間的測序數據量趨于一致,迪奧生物擁有樣品間數據量不平衡問題的解決方案。

6. 迪奧生物可以幫合作伙伴實現200個樣品的平行測序。

 

環境樣品測序深度

 

1. 不同環境樣品中微生物的豐富度差別很大,所需的測序深度也不同。

2. 研究目的決定了環境微生物的檢測精度,而檢測精度決定了測序深度。

3. 迪奧生物擁有豐富的成功案例,針對不同的環境樣品和研究目的,能為合作伙伴提供合理的測序深度建議。

 

定向測序

 

1. 迪奧生物設計的實驗方案可以實現PCR產物的定向測序。

2. 定向測序技術避免了非定向測序造成的數據冗余,充分利用了每條有效測序序列,且便于后期的菌群分類處理。

3. 定向測序能為合作伙伴節省454文以來構建的費用。

4. 擴增引物的合成質量是定向測序成敗的關鍵。

 

 

 

生物信息分析

 

 

1. 數據統計分析

1) 有效測序數據統計

2) 可借精準分析的數據產量統計

 

2. 數據回歸樣品

1) 根據tag信息將測序數據回歸各自樣品

 

3. 單樣品微生物種類及豐度分析

1) 序列聚類OUTOperational Taxonomic Units

2) 取樣深度判定(Rarefaction Curve

3) 計算菌群我樣性和豐度指數

4) 單樣品群落結構分析一餅圖

 

實驗周期

 

1. 環境樣品

1) 嚴格按照采樣標準采樣。

2) 采樣后務必立即封存樣品冷凍保存。

3) 樣品保存期間切記反復凍融。

4) 送樣時使用干冰運輸。

5) 請填寫完整的送樣訂單,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

 

2. 環境樣品DNA

1)請提供OD值介于1.8-2.0之間,濃度>10ng/ul,總量>200ngDNA,并確保DNA無降解。

2)送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。

3)樣品保存期間切記反復凍融。

4)送樣時使用干冰運輸。

5)請填寫完整的送樣訂單,并提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

 

   3.PCR產物

   1)請按照迪奧生物提供的引物設計要求進行PCR實驗。

   2)PCR產物濃度>10ng/ul.總量>200ng,OD260/2801.8左右。

   3)PCR產物需經電泳切膠回收純化。

   4)送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。

   5)樣品保存期間切記反復凍融。

   6)送樣時使用干冰運輸。

   7)請填寫完整的送樣訂單,并提供PCR產物純化前后的電泳檢測照片,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

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