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真菌基因組測序上海迪奧生物科技有限公司

技術服務信息

服務名稱:真菌基因組測序
服務類別:微生物學服務 - 其它
價格:詢價
允許參觀:不允許參與實驗
所在區域:上海.上海
更新時間:2018/3/21 9:09:00
瀏覽人數:4270
誠信指數:534點
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使用范圍:僅限科研使用,不能應用于臨床
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上海迪奧生物科技有限公司
地址:
上海市斜土路1175號景泰大廈1508
郵編:
200032
電話:
021-54960912
傳真:
021-54035803
聯系人:
胡小姐
所在區域:
上海·上海
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技術服務詳細描述

真菌基因組測序

 

真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。據估計,全世界約有150萬種真菌,其中包含許多具有重要的藥用價值和食用價值的有益真菌,同時也存在著大量引發動植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供有用的依據。隨著第二代高通量測序技術的成熟,基因組測序成本已大大降低,使得快速而經濟的進行真菌基因組測序成為可能,目前真菌基因組學研究已進入了一個快速增長時期。

 

迪奧優勢

 

擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質量可靠。

 

擁有Roche 454IIIumina Solexa兩種高通量測序平臺,合作伙伴可根據具體需求進行選擇,以獲得最佳的實驗結果。

 

技術人員經驗豐富,可以根據合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案,解決實驗問題,分析實驗結果。

 

擁有專業的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。

 

 

 

生物信息分析

 

 

1. De novo真菌基因組測序

 

1) 基因組序列拼接

 

原始數據統計,基因組覆蓋度計算,組裝結果統計等。

 

2) 基因注釋

 

編碼基因預測,基因功能注釋(NR,Swiss-Prot,interpro等),Non-coding RNA注釋,重復序列注釋等。

 

3) 基因功能分類

 

GO分類,KEGG通路分析等。

 

4) 比較基因組及進化分析

 

與近源物種的基因組序列對比,進行SNP,SV等變異結構檢測,pan-genomecore-genome組成分析,同源基因分析,進化分析等。

 

2. 真菌基因組重測序

 

1) 原始數據統計

 

2) 短序列mapping至參考基因組

 

3) 分析mapping區域reads的覆蓋度,重復性,覆蓋堿基的質量及reads方向

 

4) SNPs,inDel,CNVs檢測

 

5) 結構變異(SVs)和基因組重排事件分析

 

技術指標

 

基因組覆蓋度大于95%,基因區覆蓋達到98%以上,Scaffold N50大于300KB,單堿基錯誤率低于十萬分之一

 

實驗周期

 

1. De novo真菌基因組測序

 

迪奧生物從獲得合作伙伴樣品到高通量測序,一般控制在40個工作日左右完成。

 

2.真菌基因組重測序

 

迪奧生物從獲得合作伙伴樣品,高通量測序到數據分析,一般控制在40個工作日左右完成。

 

 

 

送樣要求

 

 

1. 請提供濃度≥200ng/ul.OD值介于1.8-2.0之間的DNA,樣品濃度越高越好。

 

2. De novo測序獲得精細圖,若基因組大小介于10-45Mb之間,需提供至少100ugDNA,若基因組大小大于45Mb,則需要200ugDNA.

 

3. 重測序,DNA總量需≥10ug.

 

4. 樣品采用冰袋或干冰運輸,防止DNA降解。

 

5. 樣品能否制備文庫,以我們最后的檢測結果為準。

 

6. 請填寫完整的送樣訂單,并提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封后隨同樣品一起送樣。

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